Actions indirecte des pluies
Les arbres peuvent aussi être atteints par les pluies acides de façon indirecte. Les précipitations acides modifient la composition chimique de certains sols en les acidifiant. L'acidification des sols est un phénomène naturel, mais qui s'est amplifié au cours des dernières années par l'augmentation de certains polluants atmosphériques, surtout dans des zones montagneuses où les sols sont pauvres comme dans le centre et le sud de l'Allemagne (Bavière) ou certains secteurs des Vosges. Cet effet se traduit par une perte d'éléments minéraux nutritifs pour les arbres et la végétation. Les sols sableux sont les plus sensibles. Ils sont facilement lessivables.
Les racines, les tiges et les feuilles mortes pourrissent dans le sol et se décomposent. De même pour les fruits. Beaucoup de vers et d’insectes vivent dans le sol et dans la matière organique qui pourrit. Les microbes également y vivent ( ex : champignons …). Dans le sol on trouve une faune très variée :un mètre carré de sol de prairie abrite en moyenne 260 millions d'animaux, soit une biomasse d'environ 150 g. On voit qu'il s'agit surtout d'organismes de très petite taille. Cette faune est extrêmement diversifiée : un mètre carré de sol d'une forêt de hêtre peut contenir plus de 1 000 espèces d'invertébrés.
Mangés par les microbes, les racines, feuilles, tiges et fruits finissent par pourrir et se décomposer en matière organique, donc en sels minéraux et en humus
Le sable, l’argile et le limon liés ensemble par l’humus forment des grains de terre bruns. Des petits trous se forment entre ces grains. L’eau et l’air circulent entre ces trous et les racines entrent facilement dans la terre. La plante prend sa nourriture dans le sol par les racines. Cette nourriture s’appelle les sels minéraux. Ces derniers se composent de l’azote, du phosphate, de la potasse et du calcium.
La plante fabrique de la sève avec l’eau et les sels minéraux.
